La fiscalía General de la República (FGR), en específico a Alejandro Gertz Manero, fue acusada por El Grupo Interdisciplinario de Expertos Independientes (GIEI), de obstaculizar las investigaciones sobre el caso Ayotzinapa, además de romper acuerdos y evitar las órdenes de aprehensión.
Estas irregularidades por parte de la FGR, llevaron a la renuncia del Fiscal Especial, Omar García Trejo, lo que se traduce como un retroceso en las investigaciones de aproximadamente tres o 5 años. Los acuerdos que se habían establecido entre el Estafo y el GIEI, fueron rotos por Alejandro Gertz.
Dentro de las órdenes de aprehensión que fueron evitadas se encuentran informantes, trabajadores del C4 que tuvieron información, que contaban con información previa, del durante y después de los hechos ocurridos, estas faltas al protocolo fueron comentadas a la Comisión Interamericana de Derechos Humanos (CIDH), por el GIEI.
El mandato de GIEI, concluye el día viernes, sin embargo, podría extenderse hasta el 2024, debido a la petición del Presidente Andrés Manuel López Obrador, quien también llamó para que las investigaciones de acción u omisión sean extendidas hasta la Marina. Aún a este momento no es posible otorgar las actas de defunción de los estudiantes a sus familias porque legalmente siguen desaparecido.